تعتمد مدارس الصفا الاهلية للبنين المناهج الوطنية المقررة من وزارة التعليم السعودية ، ويتم تطبيق هذه المناهج في ضوء أفضل المعايير المعتمدة في المملكة العربية السعودية، وفقاً للخطط التعليمية المحددة لكل مستوى (صف) في كافة المواد الدراسية. هذا ومن أهم ما يميز مدارسنا هو تبنيها لمجموعة مبتكرة من البرامج المساندة والمناهج التكاملية الإثرائية في اللغة الإنجليزية والحاسب الآلي ، بالإضافة الى تركيزها على مواد الرياضيات و العلوم من خلال تكثيف الحصص وتطبيق منهجية STEM العالمية.
يعد برنامج التربية الخاصة اسلوباً فاعلاً في معالجة كثير من المشكلات اللفظية والادراكية التي يعاني منها طلاب التعليم العام، وتتبنى مدارس الصفا تقديم فرص التعليم المتميز للجميع من خلال تقديم منهجية تعليمية متساوية تتسم بالجودة والشمولية للطلاب الأولى بالرعاية وطلاب الاحتياجات الخاصة في جميع المراحل التعليمية من خلال تطبيق منهاجية عالمية معتمدة في التعامل مع هذه الفئة من الطلاب، وتوفير بيئة حاضنة لهم وفريق عمل مدرب ومؤهل بأعلى المستويات.